CIDA-Canada: Peningkatan pengetahuan dan managerial, pengalaman PSW bekerjasama dengan guru-guru MI dan MTs dan melakukan penelitian tentang isu gender dalam pendidikan Islam yang difasilitasi oleh IISEP-CIDA telah mengantar anggota PSW menjadi ahli dan terpercaya, dua hal yang diperlukan untuk dapat mengembangkan program pengarusutamaan gender lebih jauh dengan berbagai penyandang dana lain. 

The Ford Foundation: Proyek Ford pada periode pertama fokus pada tema “Kesadaran Gender dan Kesehatan Reproduksi bagi Dosen-Dosen IAIN dan STAIN.” Peride berikutnya (sampai 2009) kerjasama PSW dengan Ford fokus pada “Pelatihan Keluarga yang Harmonis: Mendorong Keterlibatan Laki-laki dalam Kesehatan Reproduksi melalui Kemitrasetaraan.”

DANIDA-Denmark: DANIDA dari the Royal Danish Embassy di Jakarta menjalin kerjasama dengan PSW dalam bidang hak-hak asasi manusia. PSW dalam hal ini mengambil bagian dalam mempromosikan hak-hak perempuan dan anak melalui berbagai macam kegiatan, seperti lokakarya Hak-Hak dalam Keluarga (untuk Para Hakim Agama, KUA, Tokoh-tokoh partai Islam dan Tokoh-Tokoh organisasi Islam di seluruh Indonesia), penelitian, seminar, dan mempublikasikan buku dan jurnal tentang tema terkait.

The Asia Foundation: The Asia Foundation menyediakan bantuan dana untuk menyelenggarakan enam kali lokakarya tentang Hak-Hak dalam Keluarga bagi Hakim-Hakim Agama, Pimpinan keagamaan, dan Aktifis Muslim, di enam propinsi. Dengan kerjasama ini PSW berhasil menerbitkan journal Musawa. Kerjasama dengan the Asia Foundation berhasil diperpanjang untuk periode berikutnya (2008-2011).

LAPIS-AusAID Australia: pada tahun 2004-2009, PSW mengembangkan jaringan dengan membangun kerjasama dengan program LAPIS (Learning Assistance Program for Islamic Schools). Bersama LAPIS-AusAID, PSW memiliki komitmen untuk mengembangkan pembelajaran inklusif gender dan managemen berbasis madrasah responsif gender di MI dan MTs (madrasah ibtidaiyah dan madrasah tsanawiyah) di tujuh wilayah di Indonesia: Malang, Surabaya (Jawa Timur), Mataram (Nusa Tenggara), Makasar, Bone (Sulawesi Selatan), Yogyakarta dan Semarang (Jawa Tengah), di bawah proyek ELOIS (Equal Learning Outcomes for Islamic Schools).

PSW melanjutkan jejaring dengan lembaga-lembaga Non-Pemerintah di Yogyakarta dan beberapa daerah di Indonesia yang memiliki kepedulian sama terhadap persoalan Perempuan dan Gender. Diantara lembanga non-Pemerintah yang menjadi mitra kerja PSW ialah Rifka An-Nisa Women Crisis Center, LKiS, PKBI, Fatayat dan Muslimat, Aisyiyah and Nasyiatul Aisyiyah. 

Selain itu PSW juga bekerjasama dengan lembaga-lembaga Pemerintah: termasuk UIN Sunan Kalijaga, Departemen Agama RI, Kementrian Pemberdayaan Perempuan, Departemen Pendidikan Nasional, dan Kementrian Riset dan Teknologi.